Pasukan Amerika Syarikat

Untuk bertempur dengan pasukan musuh yang dijangka terdiri daripada 4-5 kapal induk, Nimitz memerlukan kesemua dek penerbangan U.S.. Dia sudahpun memiliki dua pasukan petugas Timbalan Laksamana William Halsey ditangan — tetapi Halsey sendiri mengalami psoriasis, dan perlu digantikan dengan Laksamana Muda Raymond A. Spruance (komander pengiring Halsey).[17] Nimitz turut memanggil kembali pasukan petugas Laksamana Muda Frank Jack Fletcher dari Kawasan Pasifik Barat Daya. Mereka tiba di Pearl Harbor tepat pada masa bagi mengisi bekalan dan keluar berjuang. Saratoga masih sedang diperbaiki dan Yorktown sendiri telah rosak teruk semasa Pertempuran Laut Karangan (Battle of the Coral Sea), tetapi Limbungan Tentera laut Pearl Harbor bekerja penuh masa bagi memperbaiki kapal induk tersebut. Sungguhpun dijangkakan beberapa bulan kerja pembaikpulih di Limbungan Kapal Tentera laut Puget Sound diperlukan bagi Yorktown, 72 jam telah mencukupi bagi memulih Yorktown sebagi kapal induk boleh tempur (sungguhpun struktur masih lemah).[18] Dek penerbangannya ditampal, sekeluruhan tiang dalaman dipotong dan digantikan, dan beberapa skuarden baru (di ambil dari kapal induk Saratoga) diletakkan di atasnya. Laksamana Nimitz menunjukkan sifat tidak mengendahkan prosedur yang ditetapkan bagi menyiapkan kapal induk yang ketiga dan yang terakhir bagi pertempuran — kerja pebaikpulihan masih berterusan sungguhpun Yorktown keluar berjuang, dengan krew kerja dari kapal pembaik pulih Vestal, ia sendiri masih rosak akibat serangan terhadap Pearl Harbor enam bulan dahulu, masih di atas kapal. Hanya tiga hari selepas memasuki limbungan kering di Pearl Harbor, kapal itu kembali berlayar sendiri, dengan pancaragam kapal memainkan lagu "California, Here I Come"[19]

Pasukan Jepun

Sementara itu, akibat pembabitan mereka dalam pertempuran Laut Karang, kapal induk Jepun Zuikaku berada di pelabuhan di Kure (berhampiran Hiroshima), menunggu bagi kumpulan udara tiba bagi menggantikan kapal terbangnya yang musnah. Shōkaku yang rosak teruk sedang menunggu pembaikian lanjut; ia telah mengalami tiga hentaman bom di Laut Karang dan memerlukan pembaiki beberapa bulan di limbungan kering. Sungguhpun jumlah kapal terbang yang ada antara kedua kapal induk bagi melengkapi Zuikaku dengan kumpulan udara gabungan, pihak Jepun tidak membuat cubaan serius bagi menyiapkannya bagi pertempuran yang akan menjelang.[20] Akibatnya, Laksamana Nagumo kini hanya memiliki empat, dan bukannya lima kapal induk lengkap untuk bertempur: Kaga, dengan Akagi, membentuk Division 1; Hiryū dan Sōryū, sebagai Division ke 2. Sebahagian dari ini disebabkan oleh kelesuan; kapal induk Jepun telah beroperasi secara berterusan semenjak 7 Disember 1941, termasuk serangan kecil-kecilan (pinprick raids ) ke atas Darwin dan Colombo.

Aturan peninjauan strategik Jepun bagi pertempuran ini turut kucar-kacir. Baris peninjau (piket) kapal selam Jepun lambat sampai pada kedudukan masing-masing (sebahagiannya kerana Yamamoto terburu-buru), yang membenarkan kapal induk Amerika bergerak kepada kedudukan timur laut Midway (dikenali sebagai "Titik Nasib" (Point Luck") tanpa dikesan.[21] Cubaan kedua bagi menggunakan kapal terbang laut peninjau empat enjin untuk meninjau Pearl Harbor sebelum pertempuran (dan dengan itu mengesan ketiadaan atau kehadiran kapal induk Amerika), dikenali sebagai "Operasi K" , juga terhalang apabila kapal selam Jepun yang ditugaskan bagi mengisi minyak kapal terbang peninjau mendapati bahawa titik pengisian minyak - sebelum ini teluk terpencil di Beting Friget Perancis (French Frigate Shoals) — telah diduduki oleh kapal perang Amerika (kerana pihak Jepun telah melakukan misi yang sama pada bulan March).[22] Dengan itu, pihak Jepun tiada sebarang pengetahuan mengenai pergerakan kapal induk Amerika sejurus sebelum pertempuran. Pemintas radio Jepun turut menyedari peningkatan dalam aktiviti trafik perutusan kapal selam Amerika dan pasukan U.S.. Maklumat ini ada pada tangan Yamamoto sebelum pertempuran. Bagaimanapun, rancangan operasi Jepun tetap tidak ditukar.[23]

pemecahan kod oleh Amerika

Laksamana Nimitz mempunyai satu aset beharga: U.S. cryptanalysts telah memecahkan kod tentera laut Tentera laut Jepun. Komander Joseph Rochefort dan pasukannya di HYPO bukan sahaja mampu mengesahkan Midway adalah sasaran serangan Jepun yang pasti, tetapi turut membekalkan Nimitz dengan kedudukan pertempuran lengkap IJN. (Usaha Jepun bagi memperkenalkan buku kod baru terlewat, membenarkan HYPO beberapa hari penting; mereka dibuta tidak lama sebelum serangan bermula.[24]) Akibatnya, pihak Amerika memasuki medan pertempuran dengan gambaran jelas mengenai di mana, bila dan apa kekuatan Jepun yang mereka hadapi. Nimitz menyedari, sebagai contoh, bahawa kelebihan jumlah yang lebih dipihak armada Jepun telah dibahagi kepada sekurang-kurangnya empat pasukan kerja, dan pengiring bagi Pasukan Serangan Kapal Induk utama terhad kepada hanya beberapa kapal pantas. Bagi sebab ini, mereka mengetahui bahawa senjata anti-pesawat melindungi kapal induk akan terhad. Selain mengetahui kekuatan yang dia hadapi, Nimitz menganggarkan tiga dek kapal induk, dicampur Midway, berbanding empat kapal induk Yamamoto memberikan anggaran keseimbangan. Pihak Jepun pula hampir tidak mengetahui mengenai lawan mereka walaupun selepas pertempuran bermula.[25]